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Windows的关机程序在关机过程中将执行下述各项功能：完成所有磁盘写操作，清除磁盘缓存，执行关闭窗口程序，关闭所有当前运行的程序，将所有保护模式的驱动程序转换成实模式。
引起Windows系统出现关机故障的主要原因有：选择退出Windows时的声音文件损坏；不正确配置或损坏硬件；BIOS的设置不兼容；在BIOS中的“高级电源管理”或“高级配置和电源接口”的设置不适当；没有在实模式下为视频卡分配一个IRQ；某一个程序或TSR程序可能没有正确关闭；加载了一个不兼容的、损坏的或冲突的设备驱动程序等等。

常见问题处理方法：
1.退出Windows时的声音文件损坏
首先，你可确定“退出Windows”声音文件是否已毁坏——单击“开始”→“设置”→“控制面板”，然后双击“声音”。在“事件”框中，单击“退出Windows”。在“名称”中，单击“（无）”，然后单击“确定”，接着关闭计算机。如果Windows正常关闭，则问题是由退出声音文件所引起的，要解决这一问题，请选择下列某项操作：从备份中恢复声音文件；重新安装提供声音文件的程序；将Windows配置为不播放“退出Windows”的声音文件。
2、快速关机不正常
该功能与某些硬件不兼容，如果计算机中安装了这些硬件，可能会导致计算机停止响应。你可禁用快速关机，先单击“开始”→“运行”，在“打开”框中键入“Msconfig”，然后单击“确定”（见图1）。单击“高级”→“禁用快速关机”，单击“确定”，再次单击“确定”。系统提示重新启动计算机，可重新启动。如果计算机能正常关机，则快速关机功能可能与计算机上所安装的一个或多个硬件设备不兼容。
3.注意“高级电源管理”
计算机上的“高级电源管理（APM）”功能也可引起关机死机或黑屏问题。而要确定APM是否会引起关机问题，可单击“开始”→“设置”→“控制面板”，然后双击“系统”。在“设备管理器”选项卡上，双击“系统设备”。双击设备列表中的“高级电源管理”，单击“设置”选项卡，然后单击以清除“启用电源管理”复选框。连续单击“确定”，直到返回“控制面板”。重启动计算机。关闭计算机，如果计算机正常关机，则问题的原因可能在于APM。
4.启动关机故障
大家在使用电脑时，还会经常遇到在Windows刚刚启动的时侯就显示“你可以安全地关闭计算机了”，或者启动时马上关机或关机时重新启动等故障。这类故障的原因一般来说是由于Wininit.exe或Vmm32.vxd文件的损坏所造成的。解决办法是重新从Windows安装程序压缩包中调取这两个文件。进入Windows\\system子目录下，将Vmm32.vxd改名为Vmm32.XXX进行备份，然后再单击“开始”→“程序”→“附件”→“系统工具”→“系统信息”。单击菜单栏中的“工具”，然后选择“系统文件检查器”，单击“从安装盘提取一个文件”（见图2），然后在“要提取的文件”框中输入“Wininit.exe”或“Vmm32.vxd”。单击“开始”，然后按照屏幕上的提示进行操作，以便从Windows CD-ROM或安装盘将文件提取到C:\\Windows\\System文件夹，然后重复此步骤，以替换文件Wininit.exe或Vmm32.vxd。
5.Bootlog.txt文件出错
此外，在Bootlog.txt文件中存在定位问题也可引起关机黑屏故障。你可先使用文本编辑器，如“记事本”，检查Bootlog.txt文件中的“Terminate=”条目。这些条目位于文件的结尾，可为问题的起因提供一定的线索。对每一个“Terminate=”条目，查找所匹配的“EndTerminate=”条目。
Terminate=Query Drivers表明内存管理程序有问题；
Terminate=Unload表明Network与Config.sys中的实模式或网络驱动程序存在冲突；
Terminate=Reset Display表明可能需要更新视频驱动程序；
Terminate=Rit表明声卡或鼠标驱动程序存在问题；
Terminate=Win32表明与32位程序有关的问题阻塞了线程。
如果Bootlog.txt文件的最后一行为“EndTerminate=KERNEL”，Windows 98就可成功关闭。
6.Config.sys或Autoexec.bat有问题
此外，你可检查Config.sys文件或Autoexec.bat文件中是否存在冲突？先确定Config.sys文件或Autoexec.bat文件中是否存在冲突，可单击“开始”，然后单击“运行”。在“打开”框中，键入“Msconfig”，然后单击“确定”。单击“诊断启动”，然后“确定”。系统提示重新启动计算机时，请单击“确定”。如果计算机的启动或关闭不正确，请确定问题是由Config.sys或Autoexec.bat文件的哪一行引起的。
要确定引起问题的行，可重新启动计算机。计算机重新启动时，请按住Ctrl键。从“Startup”菜单中选择“Safe Mode安全模式”。启动后单击“开始”，然后再击“运行”。在“打开”框中，键入“Msconfig”，然后单击“确定”。单击以清除Config.sys和Autoexec.bat选项卡中不含Windows图标行的复选框。使用此Config.sys文件，单击以启用某行。单击“确定”。当系统提示重新启动计算机时，单击“确定”。如果计算机的启动和关闭都很正常，请启用另一行，并重复上述步骤的操作，以逐步启用Config.sys文件和Autoexec.bat文件中的行，直到发现问题为止。
7.内部系统问题
此外，可确定是否存在内部系统问题。单击“开始”→“运行”。在“打开”框中，键入“Msconfig”，然后单击“确定”。在“常规”选项卡中单击“高级”。单击以清除“高级疑难解答设置”中的下列复选框，然后单击“确定”：禁用系统ROM中断点；禁用虚拟HD IRQ；EMM不包含A000-FFFF。系统提示重新启动计算机时，单击“确定”。如果计算机正常启动，可重复以上步骤，但在步骤中“单击以清除‘高级疑难解答设置’中的下列复选框”时单击以选中某复选框。重复此过程，每次选中其它某复选框，直到发现计算机无法正常关闭为止。一旦发现计算机无法重新启动或关闭，可再次重复以上步骤单击以清除刚才选中的复选框即可。
8.检查CMOS设置
CMOS设置不正确一样也会引起电脑关机问题，大家在电脑启动时可按“Del”键进入CMOS设置页面，重点检查CPU外频、电源管理、病毒检测、IRQ中断开闭、磁盘启动顺序等选项设置是否正确。具体设置方法你可参看你的主板说明书，其上面有很详细的设置说明。如果你对其设置实在是不太懂，建议你可直接在CMOS载入或取下CMOS电池、短接跳线，选用厂家出厂默认设置即可。
9.硬件问题
此外，一些BIOS本身的问题或硬件系统本身的问题也会引起不能关机故障。当你发现你安装了新的硬件在关机时出现系统挂起的情况，如显示器黑屏，键盘鼠标无响应等，那么很可能是为新硬件所配置的驱动程序有兼容性的问题。要解决这种第三方的硬件不兼容问题，一般都是到硬件厂家网站上查找解决方案，找到该设备的最新驱动程序并下载安装到你的机器系统中，一般即可解决该问题。